中国科学院分子植物科学卓越创新中心（简称“分子植物卓越中心”，下同）是中国科学院直属的独立事业法人科研机构，其前身是中国科学院上海植物生理生态研究所。1999年，原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所整合成立中国科学院上海植物生理生态研究所。2016年，植物生理生态研究所依托分子植物卓越中心，设立中国科学院直属科研机构。2019年，分子植物卓越中心获批独立事业法人资格。

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分子植物卓越中心以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻落实习近平总书记提出的“四个率先”和“两加快一努力”重要指示要求，强化使命驱动的建制化基础研究，以抢占科技制高点为核心任务，锚定科技强国建设目标，加强顶层设计和统筹谋划，面向植物科学国际前沿，围绕农业可持续发展和生态环境安全的重大战略需求，开展前瞻性、战略性基础和应用基础研究。发挥植物、昆虫和合成生物学“三位一体”多学科优势，在植物遗传、代谢、发育、生理及其与环境互作等前沿领域开展系统研究；力争在作物杂种优势、作物碳氮高效、高碳汇植物创制、植物干细胞与再生、植物逆境应答和免疫机制等方面取得重大理论突破和技术革新，为保障国家粮食安全与生态安全提供理论基础和技术储备，强化创新源头供给。明确了以“植物碳氮高效”、“作物复杂性状调控的理论基础”和“植物与环境互作”作为主攻方向，“先进合成生物学”、“植物多维组学”和“数字植物与定量生物学”为新兴前沿方向和未来技术的整体布局。分子植物卓越中心将以强化国家战略科技力量为导向，优化及提升在人才队伍、平台支撑、资源配置、体制机制等方面的布局，汇聚一流的创新资源，以期建成分子植物前沿科学研究杰出的人才高地、重大成果发源地和国际一流的现代植物科学研究中心。

截至2023年底，分子植物卓越中心共有在职职工435人。其中科技人员287人、科技支撑人员101人、包括中国科学院院士7人、发展中国家科学院院士4人、研究员及正高级工程技术人员91人、副研究员及高级工程技术人员107人；全所进入创新岗位388人。分子植物卓越中心是国务院学位评定委员会首批批准的硕士、博士学位授予点，设有生物学一级学科博士研究生培养点，并设有生物学一级学科博士后流动站，共有在学研究生638人（其中硕士生234人、博士生404人），在站博士后104人。

　　分子植物卓越中心2023年发表SCI研究论文360余篇，立足保障国家粮食安全的重大需求和抢占植物科学制高点，深入解析水稻杂种优势遗传基础，通过深入分析2,839份杂交稻品种的表型变化趋势，总结杂交稻选育遗传规律，助力杂交稻育种高质量发展（Nature Genetics）；揭示OsSGS3-tasiRNA-OsARF3模块通过正调控耐热性但负调控植物免疫从而平衡水稻的生物胁迫响应和高温应答的分子机制，为作物的高产多抗性状改良提供了新的思路与技术途径（Nature Communications）；揭示大豆钼肥增产的新机制和关键基因（Current Biology）；在营养屏障凯氏带建成和木质素聚合领域取得重大突破，为水分和养分高效利用的未来作物分子设计提供了新理论（Science）；揭开植物细胞如何感受胞外生长素信号的神秘面纱，阐释了细胞膜共受体复合体传递生长素信号调控植物生长发育的分子机制（Cell）；合作解析细菌固有转录终止的中间状态冷冻电镜结构，揭示了细菌RNA聚合酶识别转录终止序列、停止转录、并解离RNA的分子机制（Nature）；描绘了全球首张苔藓类植物的细胞图谱，在单细胞精度揭示了苔藓类植物地钱的成熟和衰老轨迹（Developmental Cell）。中心积极承担国家重大科研项目，新增基础科学中心项目（延续资助）1项、牵头B类战略先导科技专项1项、牵头科技部国家重点研发计划项目1项。全年新申请国内专利33件、PCT申请5件，新授权国内专利57项，国外专利1项，软件登记申请2件，获登记2件。积极推进产学研深度融合，汇编了近10年授权的专利成果手册，促进专利成果推广；响应专利开放许可政策，尝试利用专利开放许可平台促进成果转化；推进藜麦种业创新与产业化项目合作，培育优质高产高原藜麦新品种，累积在内蒙古、青海、西藏推广藜麦种植50万余亩，带动了数千户农民脱贫。

　　2023年，《分子植物》(Molecular Plant) 影响因子上升到27.5、在238本植物科学领域SCI期刊中排名全球第一，荣获中国最具国际影响力学术期刊、华东地区优秀期刊等称号，举办8次“分子植物”系列在线讲座或研讨会、“植物科学新星”（Rising Stars in Plant Sciences）2023全球遴选活动。《分子植物》姊妹刊《植物通讯》（Plant Communications）影响因子达10.5，在植物科学领域研究类期刊中排名全球第六，举办了第二届《植物通讯》青年科学家论坛（在线）。《植物生理学报》继续位居植物学类核心期刊前列。

　　分子植物卓越中心是中国植物生理与植物分子生物学学会、上海市植物生理与植物分子生物学学会、上海市昆虫学会、上海市生物工程学会的挂靠单位。