中国科学院分子植物科学卓越创新中心（简称“分子植物卓越中心”，下同）是基于植物生理生态研究所而新建的实体化运作的四类机构，自2020年3月16日起成为中国科学院直属的独立事业法人科研机构。植物生理生态研究所系由原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所于1999年5月19日整合而成。2016年，植物生理生态研究所依托分子植物卓越中心，设立中国科学院直属科研机构。中国科学院上海植物逆境生物学研究中心纳入分子植物卓越中心统一管理，中国科学院上海辰山植物科学研究中心作为中国科学院与上海市共建研究单元依托分子植物卓越中心管理。 

 分子植物卓越中心地处国际都市上海腹地，是中科院最早建成的研究所之一，拥有我国第一批获得博士学位授予资格的研究所，科学创新文化底蕴深厚，科研进展活跃。博士专业有：植物学、动物学、微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、细胞生物学。学术硕士专业有：植物学、动物学、微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、细胞生物学。专业硕士专业：生物与医药。
  中心拥有一支结构优化、国际水平的科研队伍，分子植物卓越中心共有在职职工413人。其中科技人员275人、科技支撑人员55人，包括中国科学院院士8人、美国科学院院士1人、发展中国家科学院院士4人、研究员及正高级工程技术人员89人、副研究员及高级工程技术人员78人。现有在站博士后100人。在学研究生604人（其中硕士生214人、博士生390人）。

在读研究生的待遇由助学金、奖学金、助研津贴和学业奖学金等组成，并可申请中国科学院院长奖学金、国家奖学金、朱李月华奖学金、地奥奖学金、唐立新奖学金及荃银创新人才奖学金、中国银行奖学金，还有三好学生、三好学生标兵、优秀学生干部、优秀毕业生等荣誉称号等，所涉及金额近70万元，获奖比例高达30%。