2011
| 奖项名称 | 奖级 | 获奖研究生 |
| 中科院院长奖学金 | 特别奖（1人） 优秀奖（1人） |
黄学辉 杨卫兵 |
| 地奥奖学金 | 一等奖（2人） 二等奖（2人） |
王 璐、赵姗姗 高 强、杨 俊 |
| 全国优秀博士学位论文提名 | （1人） | 王二涛 |
| 中科院优秀博士学位论文奖 | （1人） | 金 健 |
| 中科院上海生科院辉瑞奖学金 | 一等奖（5人） 二等奖（8人） |
朱波风、马 俐、王 威、李欣峰、任 聪 张 珺、唐仁杰、刘 宁、张 浩、刁玉璞、许 佳、赵 维、孙周通 |
| 强生亚洲优秀生命科技研究生论文奖 | 一等奖（1人） | 黄学辉 |
| 第十七届上海高校学生创造发明“科技创业杯” | 三等奖（2人） | 任 聪、马 俐 |
| “给力科技创新 谱写青春乐章——知识创新工程中的研究生纪事”主题征文 | 二等奖（1人） 三等奖（1人） |
毛颖波 李建勇 |
| 中国科学院优秀导师奖 | （1人） | 韩 斌 |
| 中国科学院优秀指导教师奖 | （1人） | 林鸿宣 |
| 优秀毕业生 | （3人） | 黄学辉，李欣峰，杨 俊 |
| 三好学生标兵 | （3人） | 赵 维，李建勇，高 强 |
| 优秀学生干部 | （7人） | 王 韬，陈 忱，彭佳师，许德阳，赵 维，郗 旺，高起飞 |
| 三好学生 | （42人） | 王 俊，吕明珠，陈逸雄，于海东，丁 戈，刘德瑞，谭树堂，王 虎，杨小飞、高明君，厉新民，刘重远，张晶晶，朱亚娟，刁刘洋，闫大伟，吕丹凤，夏永亮、徐德华，赵云坡，赵运军，张 浩，陈威华，唐仁杰，高泓博，段建丽，任 聪、李 键，李宗柱，何志辉，赵姗姗，王修业，路岸瑞，毕慧萍，孔萌萌，侯亚男、毛妍斐，韩勋领，毕路路，李 广，张 蕾，徐爱蓓 |
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