中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所是1999年由原上海昆虫研究所与原上海植物生理研究所整合而成。整合之前的上海昆虫研究所其前身是1959年成立的上海应用昆虫研究所，隶属于中国科学院，1962年更名为华东昆虫研究所，1977年更名为上海昆虫研究所。经过50余年的发展，研究所在昆虫系统分类、协同进化、昆虫化学生态学、昆虫生理学和昆虫毒理学等领域都取得了良好的研究成果。整合后的上海生命科学研究院植物生理生态研究所，通过人才引进与培养，积蓄了一支昆虫学研究的重要力量。研究所根据学科发展的需要以及目前所拥有的昆虫学科研究队伍，于2007年成立了昆虫科学研究中心。在中心全体成员的共同努力下，通过凝练学科目标、加强人才队伍建设，于2009年底获准成立中国科学院昆虫发育与进化生物学重点实验室。目前，实验室拥有9个独立的研究组以及上海昆虫博物馆。除了传统的系统进化研究以外，在昆虫基因组、昆虫分子遗传、昆虫与植物相互作用、昆虫与微生物相互作用、昆虫发育与变态、昆虫先天免疫、昆虫RNA选择性剪切等领域正在开展着卓有成效的研究工作。