中国科学院分子植物科学卓越创新中心（简称“分子植物卓越中心”，下同）是中国科学院直属的独立事业法人科研机构，其前身是中国科学院上海植物生理生态研究所。1999年，原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所整合成立中国科学院上海植物生理生态研究所。2016年，植物生理生态研究所依托分子植物卓越中心，设立中国科学院直属科研机构。2019年，分子植物卓越中心获批独立事业法人资格。

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分子植物卓越中心以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻落实习近平总书记提出的“四个率先”和“两加快一努力”重要指示要求，强化使命驱动的建制化基础研究，以抢占科技制高点为核心任务，锚定科技强国建设目标，加强顶层设计和统筹谋划，面向植物科学国际前沿，围绕农业可持续发展和生态环境安全的重大战略需求，开展前瞻性、战略性基础和应用基础研究。发挥植物、昆虫和合成生物学“三位一体”多学科优势，在植物遗传、代谢、发育、生理及其与环境互作等前沿领域开展系统研究；力争在作物杂种优势、作物碳氮高效、高碳汇植物创制、植物干细胞与再生、植物逆境应答和免疫机制等方面取得重大理论突破和技术革新，为保障国家粮食安全与生态安全提供理论基础和技术储备，强化创新源头供给。明确了以“植物碳氮高效”“作物复杂性状调控的理论基础”和“植物与环境互作”作为主攻方向，“先进合成生物学”“植物多维组学”和“数字植物与定量生物学”为新兴前沿方向和未来技术的整体布局。分子植物卓越中心将以强化国家战略科技力量为导向，优化及提升在人才队伍、平台支撑、资源配置、体制机制等方面的布局，汇聚一流的创新资源，以期建成分子植物前沿科学研究杰出的人才高地、重大成果发源地和国际一流的现代植物科学研究中心。

截至2025年底，分子植物卓越中心共有在职职工406人。其中科技人员263人、科技支撑人员95人，包括中国科学院院士7人、发展中国家科学院院士5人、英国皇家学会外籍院士1人、研究员及正高级工程技术人员95人、副研究员及高级工程技术人员92人。分子植物卓越中心是国务院学位评定委员会首批批准的硕士、博士学位授予点，设有生物学一级学科博士研究生培养点，并设有生物学一级学科博士后流动站，共有在学研究生655人（其中硕士生241人、博士生414人），在站博士后140人。

2025年，分子植物卓越中心以第一或通讯作者单位在Cell、Nature、Science发表了一系列重量级成果。在“植物碳氮高效”方向，聚焦“光合固碳”和“生物固氮”两大科学问题，揭示了叶绿体从细胞质转运ATP的蛋白结构基础（Nature）；解析了植物区分共生菌与病原菌的机制、解析豆科植物共生‑免疫平衡新机制（Cell、Nature）。在“作物复杂性状调控的理论基础”方向，聚焦创制高产、稳产、优质作物新品种和创新共性育种技术，构建迄今分辨率最高的野生稻‑栽培稻泛基因组图谱（Nature）；解析水稻感应高温和碱-热胁迫新机制并提出水稻抗性与产量平衡的新策略（Nature、Cell）；基于植物进化分析创制出能合成辅酶Q10的水稻新种质（Cell）。在“植物与环境互作”方向，聚焦植物与微生物、昆虫等生物因子互作和免疫的基础科学前沿，发现了植物根系驱动微生物定殖的空间规律（Science）；解析了植物免疫信号激活与抑制的精细调控网络（Nature）。在新兴前沿技术方向，绘制世界上跨越进化时间尺度最大的植物整合单细胞图谱，为植物发育生物学研究提供了全新研究范式（Cell）。揭示植物细胞壁协同干细胞分裂的机制（Science）；率先提出“气候智能型作物”与“共生基因组育种”新范式（Cell）。阐明生物钟基因调控昆虫滞育的机制（Science）。多项成果通过多学科、跨单位协同攻关完成，充分体现了使命牵引下建制化科研的组织优势与人才活力。

分子植物卓越中心精准对接国家需求，建立重大选题常态化机制，布局关键领域重点项目，2025年新增主持的白名单项目包括中国科学院B类先导科技专项2项、国家自然科学基金创新研究群体项目1项、国家青年科学基金项目（A类）2项（含优秀延续资助1项），科技部国家重点研发计划1项。“植物-微生物共生的机理”获2024年度上海市自然科学奖一等奖，“广谱抗稻瘟病基因发掘与育种应用”获2024年度上海市科技进步奖一等奖。知识产权保护和成果转化工作稳步推进，高价值专利与产学研合作体系持续完善。

分子植物卓越中心与中国植物生理与植物分子生物学学会共同主办的英文学术期刊Molecular Plant《分子植物》影响因子32.7，连续5年在植物科学研究类期刊中排名全球第一，荣获中国最具国际影响力学术期刊、中国科学院优秀期刊和华东地区优秀期刊等称号。其姊妹刊Plant Communications《植物通讯》影响因子13.7，在植物科学研究类期刊中排名全球第三，联袂助力学科发展。

分子植物卓越中心是中国植物生理与植物分子生物学学会、上海市植物生理与植物分子生物学学会、上海市昆虫学会、上海市生物工程学会的挂靠单位。